穂高神社（ほたかじんじゃ）は、長野県安曇野市穂高にある神社。式内社（名神大社）、信濃国三宮。旧社格は国幣小社で、現在は神社本庁の別表神社。
安曇野市穂高の本宮（里宮）のほか、松本市安曇の上高地に奥宮、奥穂高岳山頂に嶺宮があることから、「日本アルプスの総鎮守」の通称がある。また、毎年9月27日に行われる例大祭（御船祭）が有名である。
本宮の祭神は次の通り。太字は主祭神。
中殿：穂高見命 （ほたかみのみこと） – 別名を「宇都志日金拆命（うつしひかなさくのみこと）」。綿津見命の子。
左殿：綿津見命 （わたつみのみこと） – 海神で、安曇氏の祖神。
右殿：瓊々杵命 （ににぎのみこと）
別宮：天照大御神 （あまてらすおおみかみ）
若宮：安曇連比羅夫命 （あづみのむらじひらふのみこと）
若宮相殿：信濃中将 （しなのちゅうしょう） – 御伽草子のものぐさ太郎のモデルとされる。
当社一帯は古来より安曇氏（あづみし/あずみし、阿曇氏とも）の定着地といわれる。『新撰姓氏録』には安曇氏に関連する記載として以下の3条がある。
右京神別 安曇宿禰条 – 海神綿積豊玉彦神の子・穂高見命の後。
右京神別 凡海連 – 海神綿積命神の男・穂高見命の後。
河内国神別 安曇連 – 綿積神命の児・穂高見命の後。
『古事記』神代記には、ワタツミ（綿津見神・綿積神）の子で阿曇氏の祖として「宇都志日金拆命」の記載があり、当社ではこれを穂高見命の別名としている。ワタツミの子には他に、ヒコホホデミの妻・トヨタマヒメや、ウガヤフキアエズの妻で神武天皇の母・タマヨリビメがいる。
一方で、社名「穂高神社」はあくまでも「穂高の神の社」または「穂高に坐す神社」の意に過ぎないとの指摘もある。
創建は不詳。当地は「安曇郡」の郡域にあり、定着した安曇氏によって当郡が建郡されたと見られている。そしてその安曇氏によって祖神が祀られたのが創祀とされる。安曇氏とは海人の一族で、福岡県志賀島の志賀海神社が発祥地とされる。
安曇氏は北九州を中心として栄え、その活動範囲を東方へも広げていったとされる。当郡への定着は、信濃における部民制や当地の古墳の展開から6世紀代と推定されている。その要因には蝦夷地域開拓の兵站基地として、ヤマト王権からの派遣が考えられている。安曇郡の式内社には他に川会神社があるが、こちらでも安曇氏系の綿津見神が祭神とされている。当社の西方には多くの古墳が築かれているが、当社付近は神域として避けられたと考えられ、当社一帯が勢力の中心地域であったと見られている。