御上神社（みかみじんじゃ）は、滋賀県野洲市にある神社。式内社（名神大社）。旧社格は官幣中社で、現在は神社本庁の別表神社。
琵琶湖南岸、「近江富士」の別名もある三上山（標高432m）の山麓に鎮座し、三上山を神体山として祀る神社である。三上山は藤原秀郷（俵藤太）のムカデ退治伝説でも知られる。
境内には国宝の本殿のほか、重要文化財の拝殿・楼門・摂社若宮本殿・木造狛犬（京都国立博物館寄託）が残っている。また、ずいき祭りは重要無形民俗文化財に指定されている。
祭神：
天之御影命 （あめのみかげのみこと）
天津彦根命の子（天照大神の孫）。鍛冶の神である天目一箇神と同一神とされ、日本第二の忌火の神とされる。
孝霊天皇の時代、天之御影命が三上山の山頂に降臨し、それを御上祝が三上山を神体（神奈備）として祀ったのに始まると伝える。御上祝は、野洲郡一帯を治めていた安国造の一族であり、当社の祭祀は安国造が執り行っていた。明治から昭和にかけての発掘調査では三上山ふもとの大岩山から24個の銅鐸が発見されており、三上山周辺で古来から祭祀が行われていたと考えられている。
養老2年（718年）、藤原不比等によって遥拝所のあった三上山麓の現在地に社殿が造営されたという。
平安時代中期の『延喜式神名帳』では「近江国野洲郡 御上神社 名神大 月次新嘗」と記載され、名神大社に列している。
古代から中世にかけては、三上山山麓に東光寺があったとされる。数多くの伽藍・堂舎があったと伝えられ、「三上古跡図」にその様子が描かれている。
明治9年（1876年）、近代社格制度において郷社に列し、大正2年（1913年）に県社、大正13年（1924年）に官幣中社に昇格した。