御嶽大神と呼ばれる国常立尊、大己貴命、少彦名命を祭神とする。王滝口に里宮と黒沢口に里宮と若宮があり、木曽御嶽神社王滝口の奥社は王滝頂上、木曽御嶽神社黒沢口の奥社は山頂の剣ヶ峰にある。1882年（明治15年）6月に、小谷分喜が『御嶽神社社略縁起』を出版した。1944年（昭和22年）に御嶽教などの教団と御嶽神社が「木曽御嶽山奉賛会」を設立し、その後「御嶽山奉賛会」と改称し神社の運営を行っている。1984年（昭和59年）9月14日の御嶽山直下を震源とした長野県西部地震で一合目の里宮の拝殿と末社が半壊し、行場の清滝は滝つぼが土砂に埋まった。御嶽神社黒沢口では太々神楽が奉納されている。
木曽御嶽神社黒沢口
里宮 – 黒沢口、所在地は木曽町三岳6687、少彦名命を祭神とする。
若宮 – 1385年（至徳）黒沢口に再興された。に大己貴命を祭神とする。
頂上奥社本宮 – 御嶽山頂上（剣ヶ峰）、大己貴命と少彦名命を祭神とする。
木曽御嶽神社王滝口
里宮 – 王滝口1合目にあり、1484年（文明16年）に再建され、御嶽山登拝前の精進潔斎の参籠のための行場であった。古くは、「岩戸権現」と呼ばれ、明治以前は王御嶽岩戸座王権現が祀られていたが、現在は国常立尊、大己貴命、少彦名命を祭神とする。
頂上奥社本宮 – 頂上の剣ヶ峰、かつては日ノ権現が祀られていたが、現在は国常立尊、大己貴命、少彦名命を祭神とする。
八海山神社 – 王滝口5合目、眼病平癒
三笠山神社 – 王滝口7合目の三笠山頂上、道中安全、交通安全
田ノ原大黒天 – 王滝口5合目の田の原、商売繁盛、開運
御嶽神社飛騨口里宮 – 濁河温泉登山口