高千穂神社（たかちほじんじゃ）は、宮崎県西臼杵郡高千穂町に鎮座する神社である。国史見在社「高智保皇神（高智保神）」の有力な論社であるが、近代社格制度上は村社にとどまった。現在は神社本庁の別表神社となっている。
古来「十社（じっしゃ）大明神」や「十社宮」などと称されて来たが、明治4年（1871年）に「三田井神社」と改称、更に同28年（1895年）現社名に改称した。
主祭神は一之御殿（いちのごてん）の高千穂皇神（たかちほすめがみ）と二之御殿の十社大明神。
高千穂皇神は日本神話の日向三代と称される皇祖神とその配偶神（天津彦火瓊瓊杵尊と木花開耶姫命、彦火火出見尊と豊玉姫命、彦波瀲武鸕鷀草葺不合尊と玉依姫命）の総称で、十社大明神は神武天皇の皇兄、三毛入野命（みけぬのみこと）とその妻子神9柱（三毛入野命の妃神である鵜目姫（うのめひめ）命と、両神の御子神である御子太郎（みこたろう）命、二郎（じろう）命、三郎（さぶろう）命、畝見（うねみ）命、照野（てるの）命、大戸（おおと）命、霊社（れいしゃ）命、浅良部（あさらべ）命）の総称とされる。
十社大明神の中心である三毛入野命は、「記紀」に浪穂を踏んで常世国に渡ったとあるが、当地の伝承では、高千穂に戻り当時一帯を荒らしていた鬼神の鬼八（きはち）を退治、当地に宮を構えたと伝える。また文治5年（1189年）3月吉日の年記を持つ当神社の縁起書『十社旭大明神記』には、神武天皇の皇子「正市伊」が「きはちふし」という鬼を退治し、その後正市伊とその子孫等が十社大明神として祀られたという異伝を載せている。
社伝によれば、三毛入野命が神籬を建てて祖神の日向三代とその配偶神を祀ったのに創まり、三毛入野命の子孫が長らく奉仕して、後に三毛入野命他の十社大明神を配祀、垂仁天皇の時代に初めて社殿を創建したと伝える。また、天慶年間（938-47年）に豊後国から大神惟基の長子政次（高知尾太郎政次）が当地に入り高知尾（高千穂）氏を興したが、社伝によると同氏は当神社を高千穂18郷にわたる88社（高千穂八十八社）の総社と位置づけて崇めたといい、以後も当神社に深く関わるようになったと見られている。